庄川の流域面積の93%は山地が占めています。
岐阜県内では白川郷、富山県内では五箇山と、昔ながらの合掌集落を流れています。合掌集落のなかでも岐阜県白川村の荻町合掌造り集落、富山県南砺市の菅沼合掌集落、相倉(あいのくら)合掌集落は世界遺産に指定されています。
南砺市で境川、小谷川、利賀川など大小の川を集めながら庄川峡（しょうがわきょう）と呼ばれる峡谷を形成します。
渓谷を抜けると小矢部川に向かって扇状地を形成し、すそに向かって砺波平野が広がっています。
扇頂部に造られた用水取水用の舟戸ダム（庄川合口ダム）や整備された用水路により、庄川からのかんがい用水は田畑をうるおし、県内有数の穀倉地帯を作っています。
この地域では、家々が田園をはさんで点々と広がる散居村(さんきょそん)がみられます。平野部の流れは散居村が広がる砺波市を通り、高岡市の東側を流れ、やがて日本海に注ぎます。