庄川は、古くは雄神川（おがみがわ）と呼ばれていました。
これは、雄神神社（現在の弁財天）が由来だといわれています。雄神神社のまわりの地域を「雄神の庄」といい、そこを流れていたために「雄神庄川」とも呼ばれていました。のちに「雄神」がとれて庄川と呼ばれ、現在に至っています。
寛文10年(1670)、加賀藩では、高岡を中心として急速に開発が進んでいる砺波平野を水害から守るために、千保川をはじめ、野尻川・中村川・荒俣川等のいくつかの分流を扇頂部の弁財天社前（庄川町雄神橋付近）で一本の流れにする工事を始めました。
堤防は長さ2kmにもわたり、44年の歳月と、延べ100万人をこえる労力を費やして、正徳4年(1714)に完成しました。堤防が流されないように松の木が数百本植えられたことから「松川除(まつかわよけ）」と呼ばれるようになりました。現在でも、雄神橋上下流の堤防（弁財天付近）でその名残りの松を見ることができます。
昭和初期までは飛騨の山地から切り出された木材を運搬する水運として利用されていました。
その後、大正末期からはダム建設が行われ、昭和5年には、高さ79.2メートル、長さ300メートルという日本初の高堰堤式ダムとして小牧ダムが完成しました。
現在は小牧ダムから観光遊覧船が発着しています。